Keberadaan Desa Sungai Kakap ini, tidak muncul seketika, semua bermula dari proses baik sejarah penduduknya, adat istiadat dan budaya, wilayah, dan pemerintahannya.

Asal nama Sungai "Kakap"
Dari cerita yang berhasil saya himpun dan saya dengar langsung dari orang-orang tua atau tokoh yang dituakan,  ada 2 (dua) alternatif nama desa ini.

1. Nama Sungai Kakap diambil dari nama Perahu "Kakap" yang sering digunakan oleh Sultan Syarif Abdurrahman Al-Qadrie, pada masa ketika beliau hilir mudik menyusuri sungai kapuas untuk berdagang dan digunakan juga ketika mendirikan kerajaan di simpang tiga atau yang kita kenal sekarang Kota Pontianak. Alternatif ini diperkuat dengan adanya bangunan pendopo di Tanjung Intan (Desa Sungai Kupah)  tempat peristirahatannya Sultan.
Namun yang menjadi pertanyaan, pemberian nama perahu "Kakap" dari mana, dan atas dasar apa bisa diberi nama perahu "Kakap".
Nama tanjung intan dan tanjung kakap sudah dikenal masyarakat setempat dari zaman dahulu kala.
Tanjung kakap merupakan sebagai tanda tempat atau daerah yang akan dilintasi Sultan ketika mau berlayar menuju ke suatu wilayah.

 2. Nama Desa Sungai Kakap diambil dari nama Ikan yaitu Ikan "Kakap"
Sedikit saya mengulas tentang Ikan Kakap ini. Ikan kakap adalah ikan laut dasaran yang hidup secara berkelompok di dasar-dasar karang atau terumbu karang ke daerah pasang surut di muara. Bahkan, beberapa spesies cendrung menembus ke perairan air tawar .Mempunya ciri tubuh yang bulat pipih dengan sirip memanjang sepanjang punggung. Jenis ikan kakap yang banyak ditemui di Indonesia adalah jenis Kakap merah (L. campechanus) beberapa jenis yang lain yang juga banyak di temui adalah Kakap kuning, Kakap hitam dan lain-lain.
Kakap merupakan fauna khas provinsi Kepulauan Riau dikarenakan provinsi ini merupakan tempat tinggal banyak ikan Kakap (berbagai sumber).

Melihat dikondisi sekarang ini  sangat mustahil menjumpai Ikan Kakap ada di muara kakap. Semua itu bermula ketika diperintahkannya pasukan/prajurit kerajaan kesultanan Pontianak  untuk menjaga sebuah pulau yang bernama "Tanjung Salai" (Sekarang Desa Tanjung Saleh),mengingat Pulau tersebut merupakan tempat bersarangnya para perompak/penyamun/bajak laut atau kita sebut Lanon.Lanon tersebut tidak segan menangkap, membunuh dan menyalai korban.Turunnya prajurit dipimpin langsung oleh seorang panglima kerajaan ke tanjung kakap itu berdasarkan laporan salah seorang penduduk yang sudah tinggal di sekitar pesisir tanjung kakap kepada Raja, bahwa di seberang tanjung kakap telah bermukim para lanon. Tentunya keberadaan para lanon membuat resah penduduk .
Prajurit yang diutus itu bermukim lama di muara kakap, sehingga untuk memenuhi kebutuhan lauk-pauk mereka sehari-hari,mereka membuat alat tangkap baik berupa pancing atau bubu, untuk bisa mendapatkan lauk mereka di kuala kakap. Menariknya ikan yang sering dan banyak mereka dapati adalah "Ikan Kakap". Karena ikan kakap ini lebih istimewa ketimbang ikan yang lain.Sehingga ikan ini menjadi santapan pokok para prajurit sebagai lauk meraka. Karena banyaknya ikan kakap yang didapat, informasi ini pun tersebar dari mulut kemulut , mengundang beberapa orang dari luar untuk datang guna mendapatkan ikan kakap sebagai lauk mereka juga. Jadi kalau ada orang luar bertanya, dimana bisa mendapatkan ikan kakap, pasti dibilang disana, sambil menunjuk ke arah  kuala/muara kakap.
Melimpahnya hasil laut juga menarik kumpulan warga china (etnis tiong hoa) untuk hijrah dan belayar  menuju kuala kakap dan menetap.

Jauh sebelum disebutnya kata "Sungai Kakap", sudah ada kata atau istilah wilayah "Tanjung Kakap" yang membentang dari Sungai Kakap sampai ke arah Desa Sungai Kupah (Tanjung Intan) sekarang.Dan memang sudah ada penduduk telah menetap dan tinggal sepanjang pesisir tanjung kakap.
Dari dua alternatif nama tersebut, alternatif kedualah yang lebih banyak diceritakan, maka dari itu dari dulu sampai sekarang, Desa Sungai Kakap sudah dikenal dengan hasil perikanan tangkapnya.
Jadi dapat disimpulkan awal mulanya orang pergi dan pindah ke kuala kakap ini bertujuan untuk menangkap hasil laut/ menjadi nelayan.
Karena Kuala/muara Kakap merupak Ujung dan bagian dari sungai, maka secara spotan dan lata masyarakat menyebut "Sungai Kakap".